edit: I would like to match column 1,2 of file1.txt with column of 1,3 of file2.txt and print the matching lines of file2.txt
file1.txt:
scaffold1 57482
scaffold1 63114
scaffold1 63118
scaffold1 63129
scaffold1 63139
scaffold1 63279
scaffold1 63294
scaffold2 65015
scaffold2 77268
scaffold2 77335
file2.txt:
scaffold1 381 382 T/A +
scaffold1 384 385 T/A,G +
scaffold1 385 386 G/C +
scaffold1 445 446 C/T +
scaffold1 57481 57482 T/A +
scaffold1 63113 63114 T/A,G +
scaffold1 63128 63129 G/C +
scaffold2 65014 65015 G/A +
scaffold2 77267 77268 G/A +
scaffold2 77334 77335 C/T +
output.txt:
scaffold1 57481 57482 T/A +
scaffold1 63113 63114 T/A,G +
scaffold1 63128 63129 G/C +
scaffold2 65014 65015 G/A +
scaffold2 77267 77268 G/A +
scaffold2 77334 77335 C/T +